菌株的分離主要在培養皿上進行，常用的方法有稀釋法和劃線法 。
【菌株是如何分離的？】使用這兩種方法的目的是通過繁殖，使個別微生物在固體培養基上長出肉眼可見的菌落，然后根據培養特點，用接種針挑取所需菌株，在顯微鏡下檢查，證明是單一形狀的菌體 。常用的培養基是選擇培養基 。例如，用于分離纖維素分解微生物的培養基是以纖維素作為碳源的培養基，因為只有纖維素分解微生物可以從該培養基中生長 。改變培養基條件也有助于菌株分離 。

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