親子鑒定原理判定親生關(guān)系的理論依據(jù)是孟*爾遺傳的分離律 。按照這一規(guī)律，在配子細(xì)胞形成時(shí)，成對(duì)的等位基因彼此分離 ， 分別進(jìn)入各自的配子細(xì)胞 。精、卵細(xì)胞受精形成子代，孩子的兩個(gè)基因組一個(gè)來自母親 ， 一個(gè)來自父親；因此同對(duì)的等位基因也就是一個(gè)來自母親 ， 一個(gè)來自父親 。鑒定結(jié)果如果符合該規(guī)律，則不排除親生關(guān)系，若不符合，則排除親生關(guān)系（變異情況除外） 。在大多數(shù)的情況下，母、子關(guān)系是已知的，要求鑒定假設(shè)父和孩子是否親生關(guān)系 。此時(shí)首先從母、子基因型的對(duì)比中，可以確定孩子基因中可能來自父親的基因（生父基因，OG） 。然后觀察假設(shè)父親的基因型，如果不具有生父基因，則可排除假設(shè)父與孩子的親生關(guān)系 。若假設(shè)父也具有生父基因，結(jié)果就不能排除假設(shè)父的親生關(guān)系，假設(shè)某案例中母親是FGA-22/23型 ， 孩子為22/25型，從比較中可確定生父基因是FGA-25 。此案中假設(shè)父1為FGA-22/24型；假設(shè)父2為24/25型 。其中假設(shè)父1不具備生父基因25，故可排除他與孩子的親生關(guān)系；相比之下，假設(shè)父2因具有FGA-25 ， 不排除與孩子有親生關(guān)系 。
【親子鑒定的基本原理 親子鑒定原理及相關(guān)知識(shí)】親權(quán)指數(shù)(PI)計(jì)算上例中假設(shè)父2不能排除父子親生關(guān)系,但他不一定是孩子的生父，因?yàn)槿巳褐蠪GA-25基因頻率為0.0958 。雖然生父必須有生父基因，但有FGA-25基因的男人不一定就是孩子的生父 。按照概率理論 ， 具有生父基因的假設(shè)父和具有生父基因的隨機(jī)男人都有成為孩子生父的可能性 。假設(shè)父提供生父基因成為孩子生父的可能性和隨機(jī)男人提供生父基因成為孩子生父的可能性的比值叫作親權(quán)指數(shù)（paternityindex,PI） 。前一種可能性假設(shè)為X;后一種可能性假設(shè)為Y 。上例中的假設(shè)父2基因型為24/25雜合子，他提供生父基因FGA-25的可能性為1/2，即X=1/2 。隨機(jī)男人提供生父基因FGA-25的機(jī)會(huì)為該基因的頻率，即Y=0.0958 。因此，此例的PI值為0.5/0.0958=5.22 。如果假設(shè)父2的確是孩子的生父，則不論檢測(cè)多少位點(diǎn)，均不會(huì)排除他與孩子的親生關(guān)系，在所有檢測(cè)的位點(diǎn)，每一個(gè)位點(diǎn)就可以計(jì)算出一個(gè)PI值，多個(gè)位點(diǎn)的累計(jì)PI值等于各個(gè)位點(diǎn)PI值的乘積，但前提條件是所檢測(cè)的各位點(diǎn)之間沒有遺傳連鎖關(guān)系 。三聯(lián)體基因型組合的可歸納為三條原則：（1）當(dāng)假設(shè)父為純合子時(shí) ， X=1；假設(shè)父為雜合子時(shí)，X=1/2，但雜合子假設(shè)父的2個(gè)基因均可能是生父基因時(shí)，X=1 。（2）只涉及1個(gè)生父基因時(shí) ， Y值等于生父基因的頻率 。
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