國家臨床重點專科5個：皮膚科、針灸科、腫瘤科、腎病科、護理學
【重慶市中醫院的特色科室】國家中醫藥管理局重點建設學科1個：中醫皮膚學科
國家中醫藥管理局重點專科及建設培育項目10個：皮膚科、針灸科、腫瘤科、腎病科、婦科、腦病科、肛腸科、骨傷科、肝病科、護理學
國家中醫藥管理局重點研究室1個：濕疹中醫外治法重點研究室、二級實驗室2個：生化實驗室、免疫微生物實驗室
衛生部診斷鑒定機構1個：化妝品皮膚病鑒定機構
重慶市市級臨床重點專科1個：麻醉科
重慶市中醫重點學：專科12個：皮膚科、針灸科、腫瘤科、腎病科、婦科、腦病科、肛腸科、骨傷科、肝病科、風濕病科、兒科、眼科
重慶市中西醫結合醫療中心3個：中西醫結合皮膚病防治中心、中西醫結合腦血管病康復治療中心、頸腰腿痛治療中心
重慶市醫療質量控制中心2個：皮膚科醫療質量控制中心、美容皮膚科醫療質量控制中心
院內研究所3個：皮膚病研究所、針灸研究所、古驗方與中藥制劑研究所

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