乙型肝炎病毒基因組為一半環(huán)狀雙股脫氧核糖核酸，全長約4761個(gè)堿基對(duì)（bp)，其負(fù)股（長鏈）有4個(gè)主要開放讀碼框架（ORF）：S基因區(qū)、C基因區(qū)、P基因區(qū)和X基因區(qū) 。
1.S基因區(qū)全長1167個(gè)堿基對(duì)，由S基因、前S1基因及前S2基因組成 。S基因區(qū)編碼產(chǎn)物均屬于乙型肝炎病毒囊膜蛋白，即乙型肝炎表面抗原（HBsAg）的范疇 。
2.C基因區(qū)全長636個(gè)堿基對(duì)，由前C基因和C基因組成 。前C基因（87個(gè)堿基對(duì)）編碼含29個(gè)氨基酸的多肽，稱功能性信號(hào)肽；C基因（549個(gè)堿基對(duì)）編碼乙型肝炎核心抗原（HBcAg）；前C基因和C基因連續(xù)編碼，則產(chǎn)生乙型肝炎e抗原前體蛋白 。功能性信號(hào)肽將乙型肝炎e抗原前體蛋白引導(dǎo)至肝細(xì)胞內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜，其氨基端和羧基端被部分削減，即形成乙型肝炎e抗原 。
3.P基因區(qū)全長2496個(gè)堿基對(duì)，編碼含832個(gè)氨基酸的多肽，稱為乙型肝炎病毒脫氧核糖核酸多聚酶（聚合酶） 。此酶為乙型肝炎病毒脫氧核糖核酸生物合成所必需 。血清乙型肝炎病毒脫氧核糖核酸多聚酶陽性是乙型肝炎病毒復(fù)制活躍和傳染性強(qiáng)的標(biāo)志 。
4.X基因區(qū)全長462個(gè)堿基對(duì)，編碼154個(gè)氨基酸的多肽，即乙型肝炎x抗原 。乙型肝炎x抗原也是乙型肝炎病毒復(fù)制活躍和傳染性強(qiáng)的標(biāo)志 。血清乙型肝炎x抗原及其抗體（抗HBx）動(dòng)態(tài)變化和乙型肝炎e抗原及其抗體大體一致 。乙型肝炎x抗原有反式激活(transactivation）功能，可激活肝細(xì)胞基因組內(nèi)的原癌基因，促使肝細(xì)胞癌變，故與原發(fā)性肝癌的發(fā)生有關(guān) 。血清乙型肝炎x抗體陽性提示乙型肝炎病毒復(fù)制減弱，但乙型肝炎e抗原陽性的慢性活動(dòng)性肝炎、肝硬化和原發(fā)性肝癌患者血清中也常檢出乙型肝炎x抗體 。

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