絕大多數(shù)的慢性乙肝患者攜帶病毒將會(huì)是終身性的，無論病情輕重，無論是乙肝“小三陽”還是乙肝“大三陽”，無論血液化驗(yàn)檢查表現(xiàn)出怎樣的結(jié)果，肝組織里的乙肝病毒始終存在，為什么會(huì)這樣呢?
(1)乙肝病毒一旦侵入機(jī)體，往往以肝臟為“大本營”，病毒感染肝細(xì)胞核，形成共價(jià)鍵閉環(huán)DNA(cccDNA)，這種超螺旋結(jié)構(gòu)是病毒復(fù)制的模板，由于其結(jié)構(gòu)穩(wěn)定，并潛藏于肝細(xì)胞內(nèi)，要想將它清除掉，非常困難，目前使用的種種抗病毒藥物，使用得當(dāng)，有可能將游離在血液中的病毒清除，但是不可能清除肝細(xì)胞內(nèi)的整合狀態(tài)的病毒，只要一停藥，肝細(xì)胞內(nèi)的病毒模板又會(huì)不斷復(fù)制出新的病毒，釋放到血液中，因此病毒“巢穴”難以搗毀，病毒會(huì)長期潛伏，定期檢查可以了解病毒的復(fù)制情況和變異情況 。
(2)目前尚無治療乙肝的特效藥物問世，最好的抗病毒藥物，例如長效干擾素、核苷類抗病毒藥物，也只能起到抑制病毒復(fù)制的作用，藥物在使用過程中，病毒復(fù)制只得到有效的抑制，病情相對(duì)穩(wěn)定，但是治療停止后不久，病毒復(fù)制又可能死灰復(fù)燃，病情再次活動(dòng)起來 。
(3)乙肝病毒多處存在：乙肝病毒為泛嗜性病毒，可在肝臟、膽管上皮細(xì)胞、胰腺、淋巴細(xì)胞等組織和細(xì)胞中存在和復(fù)制 。抗病毒藥物較易清除血中乙肝病毒，而組織細(xì)胞中的乙臟病毒不易被清除或清除較難，成為復(fù)發(fā)的重要原因之一 。
(4)病毒基因類型和準(zhǔn)種：研究結(jié)果表明，我國乙肝患者的基因類型主要為B型、C型和BC混合型，這些類型容易慢性化，并且易向肝硬化演變，同時(shí)對(duì)于干擾素等抗病毒藥物難起應(yīng)答 。每一個(gè)乙肝患者本身病毒還存在不同的準(zhǔn)種，使得每一個(gè)患者攜帶的病毒基因測(cè)序，都會(huì)有所不同，想要發(fā)明一種藥物，同時(shí)解決所有的病毒準(zhǔn)種，幾乎成為泡影 。我國乙肝患者表面抗原有著不同亞型，主要為adw、adr，這些亞型不同于歐美國家乙肝表面抗原亞型，這可能是抗病毒藥物對(duì)于我國乙肝患者難以奏效的又一原因 。
(5)免疫耐受：家族性的母嬰或父嬰垂直傳播與嬰幼兒水平傳播是我國乙肝傳染發(fā)病和肆虐的主要原因 。機(jī)體的免疫系統(tǒng)尚不成熟的發(fā)育階段，一旦感染乙肝病毒，無法識(shí)別或清除，乙肝病毒長驅(qū)直入，到肝臟安營扎寨，待機(jī)體發(fā)育成熟后誤將乙肝病毒當(dāng)作自身成分而難以發(fā)揮排斥或清除作用 。這是我國慢性乙肝難治性原因之一 。
(6)基因整合：早期感染乙肝病毒，由于免疫耐受常無異常表現(xiàn)，至偶然查體被發(fā)現(xiàn)而開始治療時(shí)，中間往往間隔數(shù)年甚至于數(shù)十年，乙肝病毒DNA(脫氧核糖核酸)早已發(fā)生多處基因整合，病毒不僅根深蒂固，而且非常頑固，潛藏得很深、整合得很牢固 。此時(shí)治療即使血清中乙肝病毒多項(xiàng)指標(biāo)(如“兩對(duì)半”等)下降或消失，化驗(yàn)結(jié)果喜人，但是過不了多久，細(xì)胞內(nèi)整合的病毒基因又可在停藥后復(fù)制、表達(dá)，造成反跳、復(fù)發(fā)，這是我國乙肝難治的又一重要原因 。

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